Bei der durchgreifenden (perforierenden) Transplantation wird mit Hilfe eines speziellen Instrumentes unter dem Operationsmikroskop ein kreisrundes Scheibchen aus der erkrankten Hornhaut entfernt. Ein exakt gleich großes Scheibchen wird der Spenderhornhaut entnommen und in die entstandene Öffnung im Empfängerauge mit Hilfe feinster Nähte eingenäht.
Manchmal müssen zusätzliche Veränderungen chirurgisch behandelt werden (z. B. eine Narbenlösung, Glaskörperentfernung oder das Entfernen bzw. Austauschen einer Linse). Dies geschieht, solange das Auge zwischen der Entnahme des kranken Hornhautscheibchens und dem Einnähen des gesunden eröffnet ist.
Ob das Transplantat mit zwei sternförmigen fortlaufenden Nähten eingenäht wird oder einzeln geknüpfte Nähte in entsprechender Anzahl bevorzugt werden, entscheidet der Operateur nach den Umständen des Einzelfalles. Die Fäden, die eingenäht werden, bestehen aus Nylon und sind um ein Vielfaches dünner als ein Haar.
Der jüngste technische Fortschritt ist die Entfernung des erkrankten Gewebes und des Transplantates mit einem Laser (sog. Femtosekundenlaser). Da der Laser nur durch klares Gewebe schneiden kann, ist diese Methode nicht in allen Fällen anwendbar. Auch für sehr stark verformte Hornhäute empfiehlt sich diese Methode aus technischen Gründen nicht. Ob diese Methode vorteilhaft ist, muss mit dem behandelnden Arzt im ausführlichen persönlichen Gespräch geklärt werden.
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